Το 1999, με πρόταση του τότε Καθηγητή Χειρουργικής κ. Γεώργιου Ανδρουλάκη και ομόφωνη γνώμη του Χειρουργικού Τομέα και της Γενικής Συνέλευσης της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, αποφασίστηκε η ίδρυση της Μονάδας Μαστού με υπεύθυνο τον τότε Αναπληρωτή Καθηγητή Χειρουργικής κ. Γεώργιο Ζωγράφο.  Με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου του  «Ιπποκράτειου» Γ.Ν.Α., η αρχική εγκατάσταση του ιατρείου πραγματοποιήθηκε στον 1ο όροφο του Παραρτήματος, σε χώρο που συστέγαζε τα εξωτερικά ιατρεία και άλλων ειδικοτήτων, και με ώρες λειτουργίας 12:00 -13:00 κάθε Τρίτη και Πέμπτη.

Το 2001, με δωρεά του Ελληνικού Αντικαρκινικού Ινστιτούτου επί προεδρίας Ε. Φραγκούλη, εγκαταστάθηκε στο Ισόγειο του Παραρτήματος, σε χώρο μερικής λειτουργίας του Ακτινολογικού Τμήματος, σύγχρονος Κλασσικός Μαστογράφος τύπου Mammomat 3000 της εταιρείας Siemens. Με ακόλουθη απόφαση του Δ/Σ του Νοσοκομείου (προεδρεία Χαρίκλειας Δημητριάδη), το Ιατρείο της Μονάδας Μαστού μεταφέρθηκε στον ίδιο χώρο και ξεκίνησε η λειτουργία του σε συνεργασία με το Ακτινολογικό Τμήμα (Δ/ντης Αείμνηστος Βρακατσέλης Γεώργιος). Η εγκατάσταση αυτή στο νέο χώρο σήμανε ουσιαστικά την έναρξη λειτουργίας μιας οργανωμένης Μονάδας Μαστού με την ενεργό συμμετοχή του Ακτινολογικού Τμήματος.

Η σταδιακή απόκτηση, με δωρεές μη κερδοσκοπικών ιδρυμάτων, όπως το Ελληνικό Αντικαρκινικό Ινστιτούτο (πρόεδρος Ε. Φραγκούλης) και το Ταχυδρομικό Ταμιευτήριο, αλλά και του Ιπποκράτειου ΓΝΑ, μηχανημάτων υψηλής τεχνολογίας και η ταυτόχρονη ανάδειξη του κλινικού έργου και της προτίμησης των ασθενών, κατέστησαν τη Μονάδα Μαστού την πλέον πλήρη στον Ελληνικό χώρο και ισότιμη με τις καλύτερες του εξωτερικού.

Η Μονάδα Μαστού χαρακτηρίζεται πρότυπη όσον αφορά το ηλεκτρονικό  αρχείο των ασθενών, αλλά και την εφαρμογή της τεχνολογίας, συγκεντρωμένης σε συγκεκριμένο χώρο. Ιδιαίτερο χαρακτηριστικό του τρόπου λειτουργίας της είναι η συνεργασία ιατρών πολλών συναφών με το αντικείμενο ειδικοτήτων στον ίδιο χώρο κατά την εξέταση του ασθενή. Συνεργαζόμενες ειδικότητες είναι: χειρουργοί, ακτινολόγοι, κυτταρολόγοι, ογκολόγοι, ψυχίατρος, αλλά και παραιατρικές ειδικότητες όπως: νοσηλευτές τεχνολόγοι ακτινολόγοι, τεχνολόγοι παρασκευαστές, βιολόγοι, γραμματείς. Η επίτευξη της συνεργασίας αυτής στον ίδιο χώρο θεωρείται πρότυπη, με άμεσο αποτέλεσμα την παροχή ολοκληρωμένης διαγνωστικής και θεραπευτικής φροντίδας στους ασθενείς. Εκτός αυτών η εφαρμογή του πλήρους ηλεκτρονικού αρχείου προσφέρει σημαντικά στον πληθυσμιακό έλεγχο.

Το ιδιαίτερα σημαντικό κλινικό έργο της Μονάδας φαίνεται από τα ποσοστά του πρώιμου καρκίνου του μαστού που διαγιγνώσκονται στα πλαίσια των μη ψηλαφητών μαστογραφικών αλλοιώσεων και που ανέρχονται στο 40% του συνόλου των καρκίνων του οργάνου. Να ληφθεί υπόψιν ότι, γενικώς στην Ελλάδα, παρά την έλλειψη στοιχείων, το αντίστοιχο ποσοστό είναι < 1% και στην Ευρώπη περί το 20%.
Το κλινικό, διδακτικό και επιστημονικό έργο της Μονάδας έχει αποδώσει πλήρως καταγεγραμμένο σε ηλεκτρονική μορφή περισσότερους από 8.000 ασθενείς και ποικίλες επιστημονικές, εκπαιδευτικές, συγγραφικές και μετεκπαιδευτικές δραστηριότητες. Οι 5 Επιστημονικές Ημερίδες - Διημερίδες που διοργανώθηκαν από την Μονάδα, υπό την προεδρεία του Υπεύθυνου Καθηγητή Χειρουργικής Γ. Ζωγράφου, είχαν απόλυτη επιτυχία (2003, 2004, 2005, 2007, 2009), η τελευταία μάλιστα συνδεδεμένη με το Διεθνές Συνέδριο NESA.

Η Μονάδα Μαστού ανέπτυξε συνεργασία με πολλά εργαστήρια, ιδρύματα και φορείς όπως η Ακαδημία Αθηνών, Εργαστήριο Παθολογικής Ανατομικής ΕΚΠΑ, Εργαστήριο Βιοχημείας ΕΚΠΑ, Εργαστήριο Βιοιατρικής Τεχνολογίας ΕΜΠ, Ελληνικό Αντικαρκινικό Ινστιτούτο κ.α.
Η μοναδικότητα του Κέντρου Μαστού έχει δημιουργήσει ευμενή σχόλια και αναγνώριση από ποικίλους φορείς. Η χρηματοδότηση της Μονάδας στηρίχτηκε σε μη κερδοσκοπικά ιδρύματα όπως το Ελληνικό Αντικαρκινικό Ινστιτούτο, Ταχυδρομικό Ταμιευτήριο, Ιπποκράτειο Γ.Ν.Α.
Η Ακαδημαϊκότητα του Κέντρου αποδεικνύεται από την ιδιαίτερα σημαντική συγγραφική δραστηριότητα που αναπτύχθηκε, ιδίως μετά  5ετία από την ίδρυσή του, όπου δημοσιεύθηκε σε περιοδικά του Medline το υλικό της Μονάδας. Συγκεκριμένα, έχουν δημοσιευθεί πολλές εργασίες σε Ξενόγλωσσα περιοδικά του Medline, σε Ελληνικά περιοδικά και έχουν αννακοινωθεί πολλές Ελληνικές και διεθνείς ανακοινώσεις αλλά και εκπονούνται πολλές Διδακτορικές Διατριβές